Por volta de 1846 Pedro II já havia amadurecido fisicamente e mentalmente. Ele não era mais o jovem inseguro de 14 anos idade que se permitia levar por boatos, por sugestões de complôs secretos, e outras táticas manipuladoras. Ele cresceu num homem, que com 2,0 m de altura, olhos azuis e cabelos loiros,era descrito como belo.Com seu crescimento, suas fraquezas desapareceram e suas qualidades de caráter vieram à tona. Ele aprendeu não só a ser imparcial e dedicado, mas também cortês, paciente e sensato. À medida que ele começou a exercer por completo sua autoridade, suas novas habilidades sociais e dedicação ao governo contribuíram grandemente para a eficiência de sua imagem pública. O historiador Roderick J. Barman o descreveu: "Ele mantinha suas emoções sob disciplina férrea. Ele nunca era rude e nunca perdia a cabeça. Ele era excepcionalmente discreto com as palavras e cauteloso na forma de agir."

No fim de 1845 e no início de 1846 o imperador realizou uma viagem pelas províncias mais ao sul do Brasil, passando por São Paulo (do qual o atual Paraná então fazia parte), Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Ele ficou surpreso pela recepção entusiástica e calorosa que recebeu em todas as províncias. Este sucesso o encorajou, pela primeira vez na vida, a agir de forma confiante por iniciativa e juízos próprios. Mais importante, este período viu o fim da Facção Áulica. Pedro II eliminou com sucesso toda e qualquer influência que os áulicos detinham ao removê-los de seu círculo íntimo ao mesmo tempo em que evitava uma perturbação pública.

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Pedro II por volta dos 22 anos de idade, c. 1848. Esta é uma cópia posterior de um daguerreótipo presumivelmente perdido. É a fotografia sobrevivente mais antiga do imperador

Pedro II enfrentou três graves crises entre 1848 e 1852.O primeiro teste veio como a confrontação ao tráfico ilegal de escravos provenientes do continente africano. Este havia sido legalmente extinto como parte de um tratado com a Grã-Bretanha. O tráfico permaneceu inalterado, no entanto, e o parlamento britânico promulgou o Bill Aberdeen em 1845, autorizando navios de guerra britânicos abordarem navios de carga brasileiros e apreender os que estivessem envolvidos no tráfico. Enquanto o Brasil se encontrava preso a este problema, a Revolta Praieira eclodiu em 6 de novembro de 1848. Se tratou de um conflito entre facções políticas locais na província de Pernambuco, e foi suprimida em março de 1849. A lei Eusébio de Queirós foi promulgada em 4 de setembro de 1850, provendo ao governo brasileiro autoridade ampla para combater o tráfico ilegal de escravos. Com esta nova ferramenta, o Brasil passou a eliminar a importação de escravos. Por volta de 1852 esta primeira crise estava eliminada, com a Grã-Bretanha reconhecendo que o tráfico havia sido suprimido.

A terceira crise envolveu um conflito com a Confederação Argentina relacionado a ascendência sobre os territórios ao redor do Rio da Prata e da livre navegação de seus afluentes. Desde a década de 1830 que o ditador argentino Juan Manuel de Rosas apoiava rebeliões dentro do Uruguai e do Brasil. Somente em 1850 que foi possível ao Brasil reagir a ameaça que representava Rosas. Uma aliança foi forjada entre o Brasil, Uruguai e províncias rebeldes argentinas, levando a Guerra do Prata e a consequente queda do governante argentino em Fevereiro de 1852. Nas palavras do historiador Roderick J. Barman, uma "porção considerável do crédito deve ser ... assinalado ao imperador, cuja cabeça fria, tenacidade em seu propósito, e um senso do que era possível se revelaram indispensáveis."

O sucesso do Império em sua atuação nas três crises aumentou consideravelmente a estabilidade e prestígio da nação, e o Brasil emergiu como um poder no hemisfério. Internacionalmente, os europeus começaram a enxergar o país como personificador de ideais liberais familiares, como liberdade de imprensa e respeito constitucional a liberdades civis. Sua monarquia parlamentarista representativa se firmava em grave contraste a mistura de ditaduras e instabilidade endêmica as demais nações da América do Sul durante este período.